脂肪来源、牙髓来源和脐带来源的干细胞，其所产生的生长因子、细胞因子（细胞激素）以及外泌体各不相同，这些差异被认为会带来不同的作用效果，已有相关研究报告指出这一点。
- 脂肪来源
由于是存在于脂肪层中的干细胞，因此据说对皮肤具有较高的效果。此外，由于脂肪采集相对容易，因此相关研究最为深入，目前被认为在肺部疾病、糖尿病、肝病、皮肤护理以及脱发（AGA）方面具有较好的疗效。 - 歯髄来源
由于是存在于牙根中的细胞，因此常用于与神经相关的疾病。不仅限于牙科领域，据说对帕金森病、肌萎缩侧索硬化症（ALS）、自律神经失调、脑梗塞后的后遗症、以及勃起功能障碍（ED）等也具有较高的疗效。 - 脐带来源
有论文报告称，脐带来源的干细胞所含的生长因子和细胞因子（细胞激素）是脂肪和牙髓来源的两倍以上，因此在抗炎症和抗衰老方面备受关注。虽然尚无针对特定疾病的确凿证据，但普遍认为其具有广泛的疗效潜力。